固始汗和格魯派在西藏統治的建立和鞏固(陳慶英)
固始汗和格魯派在西藏統治的建立和鞏固
陳慶英
[摘要]明末清初，格魯派聯合蒙古和碩特部固始汗，推翻統治西藏大部分地區的第悉藏巴政權，取得了對西藏的統治。這一統治地位的建立，經過了幾十年尖銳複雜的斗爭，而鞏固統治也經歷了長時期的外部和內部的斗爭。本文綜合各種資料對這一歷史過程作了細緻的分析探討，並解釋了歷史上的一些疑難問題。
[關鍵詞]固始汗：格魯派；統治；建立；鞏固
[中圖分類號]K281=249
[文獻標識碼]A
[文章編號]1002－557(X)(2008)01－0068－17
一、17世紀初格魯派面臨生死存亡的選擇
格魯派自15世紀初宗喀巴大師創立以來，其發展過程並不完全平靜。初期，格魯派得到帕木竹巴政權(以下簡稱帕竹政權)和拉薩、山南地區的世俗貴族的支持，以系統的佛法傳授、嚴密的寺院組織、嚴格的清規戒律和井然有序的法會活動，主張僧人過嚴格的宗教生活，按照顯密次第進行修行，因而形成良好的社會影響，力量逐步壯大。從宗喀巴在世時創建拉薩三大寺到1447年根敦珠巴興建扎什倫布寺，格魯派經過了幾十年平穩發展時期。隨著帕竹政權力量的衰落，西藏在16世紀進入了一個社會動盪的時期，政治上帕竹政權內部不斷發生政權的內爭，後藏地區的貴族仁蚌巴、第悉藏巴相繼興起，不斷出現貴族領主之間的混戰，宗教上仁蚌巴家族和第悉藏巴家族在噶瑪噶舉派和覺囊派等教派的鼓動下，逐步對格魯派采取限制和打擊的辦法。1498年，掌握帕竹政權的實際權力的仁蚌巴·措傑多吉下令禁止格魯派僧人參加宗喀巴大師倡立的拉薩正月祈願大法會，就是為了削弱格魯派在拉薩地區的影響。在這種形勢下，格魯派在內部采用活佛轉世的辦法，建立以根敦珠巴的轉世根敦嘉措為權威領導的新體制，以加強教派內部的團結，共同對付外敵，在外部除了更加緊密依靠帕木竹巴家族和拉薩地區的貴族吉雪巴的支持外，還通過各種途徑努力爭取新的外援。1577年根敦嘉措的轉世索南嘉措(三世達賴喇嘛)應移牧青海並希望向藏族地區擴大自己影響的蒙古土默特部首領俺答汗的邀請，前往青海湖邊，與俺答汗舉行了會見。索南嘉措和俺答汗的會見，不僅是一種宗教上的聯系，而且是格魯派和北方的蒙古勢力的政治結合。索南嘉措還通過與俺答汗的會見，與明朝建立了關系，被明朝皇帝封為「朵兒只唱」，獲得了向明朝進貢的資格。1586年索南嘉措又因俺答汗去世的超薦法事到土默特部，使格魯派傳播到大漠南北的廣大蒙古地區，為格魯派爭取到了更多的後援。1588年索南嘉措在蒙古地區圓寂後，蒙藏雙方認定俺答汗的曾孫云丹嘉措為他的轉世，成為唯一的一位蒙古族出身的達賴喇嘛。四世達賴喇嘛云丹嘉措1603年到達拉薩後，處于險境中的格魯派獲得了生機，雖然1605年取代仁蚌巴的第悉藏巴家族打敗了吉雪巴，控制了拉薩地區，第悉藏巴及其支持的噶瑪噶舉紅帽系活佛等對格魯派急于掃除而後快，但是由于格魯派的背後有蒙古軍事力量的支持，使得他們一直不敢貿然動手。
1616年年底，四世達賴喇嘛在哲蚌寺突然去世，年僅28歲。四世達賴喇嘛的去世，使得第悉藏巴認為對格魯派進一步打擊的時機已經到來，加緊對格魯派及其支持者的壓迫。為了對付第悉藏巴，格魯派的施主第巴吉雪巴于1617年請來了喀爾喀部的一支蒙古軍，聯合起來與第悉藏巴的軍隊作戰。戰敗後，喀爾喀蒙古軍撤走，而哲蚌、色拉二寺和第巴吉雪巴的許多莊園被第悉藏巴占有，哲蚌寺和色拉寺被迫向第悉藏巴繳納大量罰金，第悉藏巴還下令禁止尋找四世達賴喇嘛的轉世靈童，力圖用取消格魯派領導核心的辦法，削弱和控制格魯派。
後來被認定為五世達賴喇嘛的阿旺洛桑嘉措于藏歷第10饒迥火蛇年(1617年，明萬歷四十五年)藏歷九月二十三日拂曉在西藏山南瓊結的秦瓦達孜城堡(今西藏山南瓊結縣縣城所在地)出生。其父親名霍爾·都杜饒丹，母親名赤堅貢噶拉則。他出身于霍爾家族亦稱薩霍爾家族，據五世達賴喇嘛稱，該家族的霍爾·班覺桑布在擔任帕竹政權的桑珠孜(今西藏日喀則市)的宗本時，成為一世達賴喇嘛根敦珠巴的施主，在根敦珠巴1447年創建扎什倫布寺時捐贈大量資財和土地，起了重要作用，這是霍爾家族與格魯派建立關系的開端。不久，班覺桑布被仁蚌巴排擠出桑珠孜，班覺桑布的幼弟官卻仁欽在帕竹政權里任職，主持修建了瓊結的秦瓦達孜堡寨(其遺址留存至今)，並在瓊結定居，從此霍爾家族與瓊結地方緊密相連，又被稱為瓊結家族。五世達賴喇嘛的母親貢噶拉則出身于浪卡子家族，該家族亦稱羊卓家族。浪卡子地處前後藏交界之地，該家族成為後藏地區的一支重要地方勢力，在後藏的仁蚌巴、第悉藏巴相繼興起並與前藏的帕竹政權爭雄的過程中，該家族是仁蚌巴和第悉藏巴的支持者，與第悉藏巴彭措南傑關系密切，在宗教上浪卡子家族與第悉藏巴支持的覺囊派有緊密聯系，奉覺囊寺的活佛多羅那它(1575－1634)為家族的宗教指導者。五世達賴喇嘛父母的婚姻還是由第悉藏巴彭措南傑促成的。
五世達賴喇嘛出生後不久，第悉藏巴彭措南傑控制了拉薩地區。而且，以噶瑪噶舉派黑帽系活佛卻英多吉為首的噶瑪噶舉派和覺囊派、薩迦派的僧人承認和尊奉第悉藏巴彭措南傑為前後藏地區的最高的統治者。顯然，被排除在外的格魯派已經走到了一個關乎生死存亡的艱難關頭。1619年初，瓊結家族內部因為信奉不同的教派發生沖突，一些反對第悉藏巴遭到失敗而逃跑到瓊結的人，聲言要清除在瓊結的第悉藏巴的內奸(指五世達賴喇嘛的母親貢噶拉則)，使瓊結地方發生內亂。貢噶拉則聞訊後，攜五世達賴喇嘛與幾名侍從連夜逃離秦瓦達孜。後來貢噶拉則母子按第悉藏巴的指示，轉到貢噶宗的德吉林居住。都杜饒丹本來與第悉藏巴關系較好，但是後來第悉藏巴因都杜饒丹與寧瑪派僧人交往密切，對都杜饒丹的忠誠產生懷疑，把他召到日喀則軟禁起來。
在這個時期，由于1618年的戰亂的影響，有一些活佛去世，因此出現了許多關于轉世靈童的傳言，還在他們母子逃往後藏的時期，就出現都杜饒丹之子應是某個活佛的轉世的議論。當哲蚌寺吉索派人到桑耶寺向護法稟告土馬年戰亂情況並請求預言時，護法暗示四世達賴喇嘛的轉世應出在雅隆的一個官府家，因此貢噶拉則的多數侍從又到處宣揚貢噶拉則兒子可能是哲蚌寺活佛(即達賴喇嘛)的轉世。格魯派將達賴喇嘛轉世的希望寄托到貢噶拉則兒子的身上，顯然是考慮其父母雙方的家族與格魯派和第悉藏巴雙方都有密切關系，是雙方都可能接受的人選之一。儘管當時第悉藏巴明令禁止四世達賴喇嘛轉世，但是這些傳言立即引起了第悉藏巴的注意，他從日喀則派人前來命令貢噶拉則母子遷到日喀則居住，以便監視。由于都杜饒丹在日喀則已被軟禁，貢噶拉則不願前往，派人向浪卡子娘家請求，由浪卡子家族首領出面擔保貢噶拉則到浪卡子居住，才獲第悉藏巴准許。
1618年第巴吉雪巴和格魯派戰敗後，哲蚌寺的強佐(即襄佐)索南饒丹佯稱到曲科杰寺(在今西藏加查縣境內，為二世達賴喇嘛根敦嘉措創建)去取前世達賴喇嘛埋藏的財物以繳納罰金，向第悉藏巴請假數月。他在半路上巧妙地擺脫了第悉藏巴派去監視的人員，間道前往青海，向駐在青海的蒙古土默特部 求援。1620年，青海蒙古土默特部的拉尊窮哇羅桑丹增和洪台吉二人率騎兵2000人和索南饒丹一起到達拉薩，與吉雪巴和支持格魯派的武裝聯合，對抗第悉藏巴的軍隊。此時剛好第悉藏巴彭錯南傑已在攻打西藏東南部時在一場天花中病逝，由他的16歲的幾子丹迥旺布繼任第悉藏巴。在蒙古土默特部的軍事力量壓迫下，第悉藏巴地方政權不得不向格魯派寺院集團做出讓步，答應交還以前奪占的哲蚌、色拉兩寺的莊園，並把拉薩河下游地區交給格魯派班禪大師派人管轄。而且同意准許尋找四世達賴喇嘛的轉世。四世班禪洛桑卻吉堅贊和嘉央袞喬群培等格魯派上層立即著手進行。轉世靈童候選人有3個，為了讓轉世靈童合法化，格魯派中資歷最深的四世班禪和下密院夏仲嘉央袞喬群培經過商議，決定到熱振寺的文殊菩薩像前以糌粑丸抽選。1621年他們在拉薩北面熱振寺的文殊菩薩像前以搖糌粑丸抽選的方式，最終確定了阿旺洛桑嘉措為四世達賴喇嘛的轉世靈童。此後，經過一番尖銳複雜的斗爭，五世達賴喇嘛才在1622年2月被迎請到哲蚌寺坐床，在四世班禪羅桑卻吉堅贊前削髮出家，四世班禪為他起法名為洛桑嘉措(阿旺二字是後來增加的)。
但是各種矛盾還是接連產生，四世班禪和下密院夏仲嘉央袞喬群培、索南饒丹等人掌握了對年幼的五世達賴喇嘛的監護權，卻使格魯派的重要施主第巴吉雪巴感到不快。據《五世達賴喇嘛傳》記載，當時恢復了對拉薩地區統治權的第巴吉雪巴又鼓動拉尊和古如洪台吉等蒙古首領五世達賴喇嘛迎請到青海去，表面上是為了保證五世達賴喇嘛的安全，實際上也有送走達賴喇嘛以鞏固自己的權威的用意。由于害怕拉尊和古如洪台吉強行把達賴喇嘛帶到青海去，索南饒丹等人帶著五世達賴喇嘛連夜秘密地渡過拉薩河，到山南地區桑日宗的艾日果地方居住，並派人向第悉藏巴報告此事，表示達賴喇嘛服從第悉藏巴的管轄。
從這件事可以看出，雖然當時蒙古土默特部對格魯派有很大的影響，甚至是格魯派危難時的依靠，五世達賴喇嘛也是由于蒙古武力的干預才得以認定和坐床的，但是土默特部的首領們對于如何經營西藏和如何鞏固發展與格魯派的聯盟關系，以及如何共同對付第悉藏巴還沒有一個明確的計劃，他們只是滿足于以格魯派的支持者的身份取得對拉薩和格魯派部分的控制權。在這種情況下，雖然在此後的幾年中有土默特的首領和呼和浩特的夏仲強巴活佛等人來拉薩朝佛，並拜會達賴喇嘛，對格魯派表示支持，但是雙方的關系並沒有得到更進一步的發展。1630年土默特部的拉尊和古如洪台吉在拉薩發生內訌，匆忙撤回了青海。而且緊接著喀爾喀蒙古的一部在卻圖汗的帶領下南下青海，統治了在青海的土默特部眾。在這種情況下，格魯派的這一重要支持者退出了西藏的政治和宗教斗爭舞台。
五世達賴喇嘛的少年時期，西藏處在一種暫時的平靜狀態。第悉藏巴統治了前後藏的大部分地區，並力圖協調和平衡各教派的關系，在尊崇薩迦、覺囊、噶舉等教派的同時，對格魯派也比較寬容，以爭取將各個地方貴族勢力和教派勢力納入自己的掌控之中。而格魯派依靠蒙古土默特部的力量在拉薩地區保持了自己的勢力，同時由洛桑卻吉堅贊出面與第悉藏巴接納關系，保持和平的局面，在表面上服從第悉藏巴的管轄。但是在實際上，格魯派上層集團和對立的教派的爭斗仍然十分激烈，對新建立的第悉藏巴政權並未真誠擁護。噶瑪噶舉派紅帽系六世活佛卻吉旺秋對格魯派在拉薩地區的存在感到坐臥不安，一心想把格魯派清除出去。卻吉旺秋看到格魯派之所以能夠頑強地存在和發展，得到蒙古的支持是一個重要的原因，因此自己也在蒙古各部中尋求支持者。卻吉旺秋尋找到的支持者即是察哈爾部的林丹汗和喀爾喀部的卻圖汗。
察哈爾部的王族是達延汗系統的直系子孫，是達延汗長子圖魯博羅特傳下來的長子長孫，在封建社會的家族里，嫡傳和長子系統一直受到特殊的重視，所以察哈爾部的汗王被認為是達延汗汗位的正統的繼承者，被推為「大汗」，地位要高于喀爾喀、鄂爾多斯、土默特等部，喀爾喀等部在許多事務上都是聽從或依附于察哈爾部的。當時察哈爾部的首領是林丹汗，他生于公元1592年，13歲時即汗位。大約在1627年至1628年，林丹汗率部西行，打垮土默特部，占據了土默特部的根據地歸化城(今呼和浩特市)，接著又征服了鄂爾多斯部。林丹汗毫無疑問是個藏傳佛教信徒，他的名字林丹(legs-ldan)是一個藏文詞，意為「具善」，他曾經從不同教派的藏傳佛教僧人受戒，他在察哈爾部修建了不少藏傳佛教寺院，有的寺院建築一直保存到近代，所以藏文史籍中又稱他為林丹呼圖克圖汗。但是當他占領歸化城後，又使當地格魯派寺院受到嚴重摧殘，可見林丹汗的宗教信仰也是服務于他的政治需要的。
喀爾喀部與藏傳佛教發展關系的代表人物是阿巴岱。阿巴岱是格捋森扎的第三子諾諾和的長子。他出生于公元1554年，青年時代即驍勇善戰，在諾諾和諸子中功勞最大，使諾諾和一系在鄰近諸部中聲威大震。1581年，當阿巴岱28歲時，派遣阿拉格、塔爾罕二人前往土默特，迎請藏傳佛教的高僧去喀爾喀傳教。阿巴岱對請來的高僧十分敬重，藏傳佛教遂得以在外蒙古地區復興。阿巴岱為了表示對格魯派的尊崇，在窩闊台和妥帖睦爾住過的沙拉·阿吉爾嘎地方(在今烏蘭巴托附近)建寺，此即後世著名的額爾德尼昭。阿巴岱的四弟圖蒙肯曾到過西藏，公元1616年年底四世達賴喇嘛去世，圖蒙肯聞訊即率領軍隊進入西藏，他于1617年到達拉薩，並使藏巴汗的軍事力量暫時受挫。他返回喀爾喀部後，一直是格魯派和班禪活佛系統的施主。班禪四世也曾授給他「諾門汗」的尊號，並給銀印一方。後來五世達賴喇嘛贈給他「賽因諾顏」(好官人)之稱。其部眾從土謝圖汗部中分出來另成一部，成為喀爾喀部中的賽因諾顏部。
林丹汗在企圖統一蒙古各部的戰爭中，也曾經攻打喀爾喀部，並造成喀爾喀部各個封建領主的混戰。1632年，蒙古喀爾喀部的一個首領卻圖汗帶兵到青海，擊敗在青海的土默特部，控制了青海的蒙藏各部。卻圖汗的兩個伯父阿巴岱和圖蒙肯都是格魯派的強有力的支持者，他最初應當也是信奉格魯派的，但是他到青海以後，受噶瑪噶舉派的紅帽系活佛的影響，與察哈爾部林丹汗聯合，準備合兵進軍西藏，支持噶瑪噶舉派攻打格魯派。
在噶瑪噶舉派紅帽系六世活佛卻吉旺秋(1584－1635)的撮合下，卻圖汗、林丹汗和康區的白利土司頓月多吉組成了一個反格魯派的聯盟，他們計劃由林丹汗帶兵到青海與卻圖汗會合，共同進兵西藏，剷除格魯派。卻吉旺秋和第悉藏巴聯絡卻圖汗和林丹汗，其目的可能仿效格魯派的辦法取得蒙古軍事力量的支持以對付格魯派及其背後的蒙古支持者，而卻圖汗和林丹汗本來是在對後金的戰爭和蒙古的混戰中的失敗者，他們向西藏發展的意向，則更多的是出于為自己尋找退路的目的。他們能夠聯合白利土司，則和卻吉旺秋1609年曾經到云南麗江和康區去傳法並幫助麗江納西族木土司制成藏文《大藏經》木刻版，因而和康區的政教首領熟悉有關。白利土司頓月多吉是苯教信徒，其轄區在金沙江西岸以今天昌都縣妥壩區為中心的進藏的通道上，卻吉旺秋聯絡他加盟，是考慮到卻圖汗、林丹汗發兵進藏時能 夠得到後勤的支持，以及在必要時可以截斷格魯派往東的退路。因此，卻吉旺秋實際上爭取到的是兩個已經遭受過打擊接近于失敗的蒙古首領，他促成的這個聯盟，是一個政治和軍事目標並不完全明確、信奉的教派也不完全相同的松散的結合。把他們聯系到一起的動因是對付格魯派，但是到具體的行動的時候就容易出現各行其是的情況。
無論如何，一個針對格魯派的計劃開始實施。1633年和1634年林丹汗率領部眾攻擊寧夏地區，接著進入河西走廊，準備越祁連山前往青海，與已經在青海的喀爾喀部卻圖汗會合，以便擺脫後金的追擊，進一步向西藏擴展勢力。1634年，林丹汗在去青海的途中病逝。林丹汗死後，其妻子和兒子額哲等放棄了去青海的計劃，率眾東走，途中部眾離散。後金的皇太極聽到這個消息後，派兵前往，額哲在戰爭中被俘降清。額哲向皇太極獻上傳國玉璽，受到皇太極的隆重禮遇，皇太極還將次女固倫公主嫁給他。1636年，以額哲為首的蒙古十六部的49個封建主在盛京(今瀋陽)集會，一致決議給皇太級上尊號為「博格達·車辰汗」，從此漠南的蒙古各部正式歸附了後金，皇太極就在這時改國號為「大清」，中國歷史上的一個新的王朝清朝開始形成。從此開始，西藏地區的政治和宗教歷史中又因西藏和蒙古的交往延伸到西藏和清朝的交往，從而加進了清朝這一關鍵性的重要因素。
雖然林丹汗去世和察哈爾部歸降了清朝，在青海的卻圖汗仍按原定計劃派他的兒子阿爾斯蘭帶兵1萬進入西藏，準備配合第悉藏巴攻打格魯派。1635年阿爾斯蘭到達藏北以後，並沒有立即對格魯派用兵。他領兵入藏本來就是在反對格魯派的名義下尋找新的發展機會，對西藏的第悉藏巴、格魯派、噶舉派等並沒有深刻的了解和固定不變的態度。他在了解西藏各教派的情況後，看到西藏軍事防御力量薄弱，就計劃獨自以武力統治西藏，為自己爭取最大的利益，而不願僅僅充當噶瑪噶舉派的施主和第悉藏巴的聯合者。當阿爾斯蘭在當雄觀察形勢時，格魯派就主動派人和阿爾斯蘭多次接觸，送上禮品，並達成了一定的默契，而第悉藏巴對阿爾斯蘭當作雇傭來的軍隊對待，只想讓他攻打格魯派後返回青海，不願讓他的軍隊到後藏。阿爾斯蘭看到格魯派對他恭敬有禮，又沒有軍事力量與他對抗，而噶瑪噶舉派對他以邀請者自居，頗不順從，因此他決定把格魯派暫時放置一邊，先用武力迫使第悉藏巴就范，然後再來解決格魯派。1635年末，阿爾斯蘭與第悉藏巴兵戎相見。為在拉薩立腳，阿爾斯蘭試圖與格魯派改善關系，1636年新年即寫信要求和五世達賴喇嘛在拉薩見面。阿爾斯蘭在西藏期間，已看到了格魯派的實力和可利用的價值，政治和經濟利益的驅動使他轉而傾向了格魯派。而格魯派更是乘勢而上，與阿爾斯蘭進一步改善關系。這種戲劇性的變化，使得第悉藏巴竟反過來要求五世達賴喇嘛和索南饒丹、噶mb活佛、達隆寺活佛等人到藏北去充當蒙藏兩軍之間的調解人，于1636年6月間第悉藏巴與阿爾斯蘭達成了停戰協議，並由洛桑卻吉堅贊和索南饒丹在白朗地方充當第悉藏巴和阿爾斯蘭定立和約的見證人。格魯派又一次用善于交際的辦法做到了化險為夷，絕路逢生，不僅躲過了可能致命的一擊，而且取得了調解人的地位，改善了和第悉藏巴的緊張關系。
紅帽系活佛卻吉旺秋見到阿爾斯蘭沒有按照原來的計劃攻打格魯派，就寫信給在青海的卻圖汗，指責卻圖汗和阿爾斯蘭違背諾言，並和阿爾斯蘭當面發生爭執。不久卻吉旺秋被阿爾斯蘭害死，而卻圖汗在接到噶mb紅帽系活佛的信時，格魯派的支持者固始汗已經開始進兵青海，卻圖汗一面下令召阿爾斯蘭帶兵回青海，一面密令其部將將阿爾斯蘭殺死。阿爾斯蘭在西藏停留一年多，由于處置失當，樹敵過多，使得自己無法立腳生根，只好帶兵向青海撤退，途中在康區又和白利土司發生沖突，阿爾斯蘭被自己的部將殺死，部下逃散。
二、固始汗和格魯派在西藏統治的建立
(一)固始汗援助格魯派進行統治青藏高原的戰爭
衛拉特蒙古亦稱漠西蒙古、西蒙古，其名稱源于明朝初期曾經在蒙古草原稱雄一時的瓦剌部，是明朝初期在阿爾泰山一帶興起的一個蒙古的部落聯盟。到明朝後期，衛拉特部以現今新疆北部的伊犁、塔城、阿勒泰和今天的蒙古國的西部等地作為其活動中心，包括和碩特、準噶爾、土爾扈特、杜爾伯特等四部，衛拉特聯盟的盟主是由和碩特部的首領擔任，這是因為和碩特部的首領是成吉思汗的弟弟哈薩爾的後裔，在蒙古的王公貴族中屬于最高貴的成吉思汗的「黃金家族」。不過，隨著準噶爾部的實力日漸增強，和碩特部的領導地位開始遇到了挑戰。在衛拉特四部中形成了以和碩特部的拜巴噶斯為首和以準噶爾部的哈喇忽喇為首的兩大集團。
大約在1610年，衛拉特蒙古聽到土默特等部信奉了藏傳佛教格魯派的消息，當時擔任四部盟主的和碩特首領拜巴噶斯決定信奉格魯派，派人冒險越過崑崙山到西藏和格魯派聯系。格魯派隨即派出一個叫徹甘諾門罕的僧人前去傳教。1616年拜巴噶斯等衛拉特蒙古四部的十幾個首領每人各派一個兒子到西藏出家學佛，他們大多數後來都成為格魯派的轉世活佛和高僧。
拜巴噶斯去世後，和碩特部的首領是拜巴噶斯的兒子鄂齊爾圖，他同時也是衛拉特聯盟的盟主。和碩特部另一個重要的首領是拜巴噶斯的弟弟固始汗。固始汗本名圖魯拜琥(tho-rol-pavi-hu，1582－1655)，是和碩特部的王公哈尼諾顏洪果爾之子，其母為阿海哈屯(va-havi-ha-thun)。固始汗少年時期以勇武著稱。當他25歲時(火馬年，1606年)，其生母阿海哈屯去世，他傾其家產，廣散布施，為母親做佛事，得到部眾的擁戴。在喀爾喀部與衛拉特部之間發生戰亂的一段時期，二部之間壁壘森嚴，行旅斷絕，固始汗冒生死風險，前往喀爾喀部，通過巧妙而高超的調解活動，平息了雙方的戰爭，給二部人民帶來了和平。東科爾呼圖克圖(應是東科爾三世甲哇嘉措)和喀爾喀部的封建主們對此十分滿意，共同贈給他「大國師」的稱號，後來他通常所用的「固始汗」的稱號即是「國師汗」的音轉。由此可見，東科爾呼圖克圖已經在蒙古各部之間起著作用，很可能他作為格魯派的代表也參加了這次調解活動。據說在這以後固始汗捐出資產，擔任施主，翻譯了許多經典，似乎這時他已與格魯派建立了密切的聯系。
1635年格魯派派出的人員到達衛拉特部幫助時，正是衛拉特四部兵戈擾攘的動亂年代。一方面，固始汗與俄國地方當局發生了沖突。另一方面，隨著人口和畜群的增加，加上準噶爾部哈喇忽喇之子巴圖爾渾台吉做了準噶爾部的部長以後，欺凌其他各部，使得衛拉特蒙古的一些部落開始向新的草場轉移，尋找新的牧場。據記載固始汗與巴圖爾渾台吉也曾經產生了矛盾，後來雖然取得了和解，但矛盾依然存在。在這種內亂與外患交替的情況下，固始汗為了擺脫困境，謀求本部的生存和發展，自然會產生率部外遷，另尋出路的想法。恰于此時，西藏格魯派寺院集團派人向衛拉特部求援，于是固始汗在衛拉特聯盟的首領大會上自告奮勇願意率部進兵西藏幫助格魯派，並且得到了原來與他有矛盾的準噶爾部首領哈喇忽喇的兒子巴圖爾渾台吉的支持，這可能是因為巴圖爾渾台吉考慮到固始汗南下既可以減 少內部矛盾，又可以使衛拉特部向青海、西藏擴展勢力，取得實際利益。
為了實地察看形勢，以決定行動計劃，固始汗和巴圖爾渾台吉帶領少數隨從化裝成商人，經柴達木盆地到長江上游考察高原的地理交通。1635年，卻圖汗派其子阿爾斯蘭率軍1萬人進入西藏，在通天河上游阿爾斯蘭遇到固始汗和巴圖爾渾台吉一行，固始汗向阿爾斯蘭說明了不能侵害格魯派的原因。從固始汗1635年年底就已率部到青海湖邊看，他們這次的偵察行動並沒有進入西藏，可能只是到了青海玉樹，就返回新疆。固始汗和巴圖爾渾台吉返回衛拉特部以後，立即行動起來，1636年秋末，固始汗率自己的和碩特部眾，加上巴圖爾渾台吉所派的部分準噶爾部軍隊，自伊犁地區出發，穿越塔里木盆地，進入青海。固始汗先在柴達木盆地休整兵馬，次年正月進兵青海湖西北岸，向卻圖汗進行突襲。固始汗以少勝多，在很短時間中即以1萬余精兵摧毀卻圖汗的3萬(一說4萬，見《西藏王臣記》)軍隊，卻圖汗被俘獲處死。經過這場戰爭，固始汗掌握了青海廣大游牧地區。固始汗將自己的女兒阿明達蘭嫁給巴圖爾渾台吉之子，並贈送給巴圖爾渾台吉大批禮品財物，請他們率領部眾返回準噶爾部。1638年，固始汗的和碩特部眾陸續移牧青海境內。
固始汗統治青海以後，加緊與格魯派寺院集團聯系，積極準備進軍西藏。1637年秋固始汗帶領1000多人到了拉薩，與五世達賴喇嘛和索南饒丹等人會見。五世達賴喇嘛贈給固始汗「丹增卻吉杰波」(執掌教法法王)的稱號和印章，還給固始汗的兒子和手下官員贈給稱號。固始汗給索南饒丹和仲麥巴·赤列嘉措等達賴喇嘛的主要隨從贈給「達賴強佐」、「宰桑第巴」等各種稱號。雙方這種互贈尊號的方式沿襲了三世達賴喇嘛和俺答汗的做法，因此可以說這次會見實際上是格魯派和固始汗的正式結盟。當時格魯派還在第悉藏巴的控制之下，所以雙方對此都沒有大肆張揚。《五世達賴喇嘛傳》只是說雙方商議了今後的事務，決定由達賴喇嘛派遣格魯派高僧去衛拉特部和喀爾喀部傳教，而沒有記載他們商議的政治事務。從後來發生的一系列事件中可以看出他們在這次會見時一定就雙方采取配合默契的行動達成了協議，至少決定了以下三件事。一、決定共同派遣專人到盛京與當時尚未進關的清朝聯絡關系。二、由固始汗進兵康區，消滅康區的白利土司，保證雙方的交往和在康區發展格魯派。三、在消滅白利土司以後，共同對付第悉藏巴政權。為了不引起第悉藏巴的警覺，固始汗只在拉薩作短暫停留後就返回了青海。五世達賴喇嘛此時剛滿20周歲，到了受比丘戒的年齡，因此在1637年藏歷十月四世班禪也到了拉薩，給五世達賴喇嘛傳授經典和教法。從時間安排上看，四世班禪是以傳法授戒的名義趕來拉薩的，有可能也會見了固始汗，並參加了雙方的商議。直到1638年藏歷三月初五，五世達賴喇嘛在拉薩大昭寺以四世班禪為師受了比丘戒。
固始汗攻占青海後，斷絕了第悉藏巴再從蒙古和漢地取得外援的可能性，固始汗和格魯派聯合起來在軍事上打敗第悉藏巴以及和他結盟的康區的白利土司是完全有把握的。但是固始汗也遇到一個「投鼠忌器」的問題，他考慮到格魯派的中心孤懸在拉薩地區，如果直接從青海進兵西藏，第悉藏巴一定會提前采取行動，由白利土司將固始汗阻擊在康區，第悉藏巴在西藏先打掉格魯派的據點，就會使固始汗失去在西藏的內應和支持格魯派的宗教旗幟，即使打入西藏也會孤軍奮戰，難以立足，也不利于固始汗統治整個青藏高原的計劃。同時，格魯派內部也存在著對第悉藏巴政權采取主戰和主和的兩種意見分歧。索南饒丹等人主張請固始汗帶兵入藏一舉消滅第悉藏巴，而五世達賴喇嘛對當時格魯派在西藏的勢力和地位有著自己的認識，他想確保住格魯派目前的地位，暫時還不要冒險和第悉藏巴決戰。在這種情況下，固始汗宣稱滿足于取得對青海的統治，在青海迎請高僧，修建寺院，並由固始汗幾次派出使者到拉薩，宣布要迎請五世達賴喇嘛到青海去傳法，五世達賴喇嘛和強佐索南饒丹等又派人到日喀則去向第悉藏巴請示，使得第悉藏巴處在左右為難的境地，如果同意五世達賴喇嘛去青海，又擔心格魯派和固始汗的關系進一步加強，如果不同意五世達賴喇嘛去青海，又總覺得五世達賴喇嘛在西藏對第悉藏巴有某種威脅。格魯派的領袖四世班禪洛桑卻吉堅贊、五世達賴喇嘛等人也作出努力改善和第悉藏巴的關系的姿態，在格魯派的拉薩正月祈願法會上，索南饒丹安排格魯派的僧眾當著第悉藏巴及其屬下念誦四世班禪洛桑卻吉堅贊撰寫的祈禱第悉藏巴健康長壽的願文。1639年夏天固始汗在進兵攻打康區白利土司時，還派他尊奉的一個青海的格魯派僧人戴青綽爾濟(即車臣曲傑)和一些蒙古首領入藏，向各個寺院布施財物，並到桑珠孜，一面以武力威脅，使第悉藏巴不敢對格魯派動手，一面由四世班禪洛桑卻吉堅贊出面，宣稱固始汗和格魯派一致尊重第悉藏巴在前後藏的統治地位，希望以第悉藏巴為首，由西藏各教派的僧俗首領和固始汗聯合派一個使團到穆克頓(今瀋陽)去，與清朝建立關系。這使第悉藏巴覺得合情合理，欣然同意，由第悉藏巴、噶mb黑帽系活佛、薩迦法王、達賴喇嘛、四世班禪、主巴噶舉活佛、達隆噶舉活佛等寫了給清朝皇帝的信，準備了禮品。顯然，由于第悉藏巴·噶瑪丹迥旺波還很年輕，缺乏政治經驗，他所支持的噶舉派、薩迦派首領又各為自己打算，目光短淺，所以這一西藏的使團竟由格魯派和固始汗一手包辦，由戴青綽爾濟充當使者，西藏和清朝聯系的主動權全部操縱在固始汗和格魯派的手中。格魯派的這些行動，果然使第悉藏巴產生了自己在西藏的統治依然穩固的錯覺，第悉藏巴在這幾年中為鞏固自己的地位，重新制定了被稱為《十六法典》的法律文本，修繕日喀則桑珠孜、白朗倫珠孜、江孜、達孜等堡寨，以防御來自外部的威脅，並在桑珠孜、拉薩的格魯派寺院附近興建噶瑪噶舉派的新寺院，以抵消格魯派的影響。
在第悉藏巴面對威脅仍在按部就班安享太平的幾年當中，固始汗和格魯派卻按部就班照自己的計劃行事。固始汗以康區的白利土司崇信苯教、迫害佛教僧人為由，1639年從青海進兵康區，攻打白利土司。經過將近一年的戰斗，最終擊潰白利土司，白利土司被俘獲處死。不過此時固始汗仍然對第悉藏巴采取一些迷惑的辦法，他釋放了被白利土司監禁的薩迦派、格魯派、噶舉派等教派的僧人，讓他們返回西藏，宣傳固始汗將要從康區返回青海，又說要派他的兩位王妃到拉薩，向覺臥佛像獻禮，酬答佛的保佑，並宣稱王妃身體不好，不能去桑珠孜，請四世班禪到拉薩一見，然後王妃返回青海。固始汗本人也確實率兵向青海走了一段路程。這些現象使第悉藏巴迷惑不解，仍然一廂情願地希望固始汗不會冒險進入西藏，因此始終沒有下決心集結軍隊把拉薩地區和格魯派控制起來，在思想上和軍事上都沒有認真做好和固始汗交戰的準備。
當固始汗的王妃和使者到拉薩通報固始汗的軍隊在康區取得勝利的消息時，格魯派中關于是否請求固始汗立即進兵攻打第悉藏巴的意見仍不統一。五世達賴喇嘛希望固始汗先帶兵返回青海去，等待更適宜的時機，但是索南饒丹等人急切希望固始汗繼續進兵攻打第悉藏巴。最終，主戰意見占了上風。
在1641年5月固始汗的大軍抵達當雄前，進兵的消息一直封鎖得很嚴密，按照固始汗的安排，拉薩方 面派人以與到拉薩朝佛的固始汗的王妃見面的名義請四世班禪到拉薩來，以躲避戰火。四世班禪走到仁蚌時，第悉藏巴才從達隆寺那里得到固始汗入藏的確實消息，立即下令將四世班禪扣留在那里，後來第悉藏巴又想要四世班禪代他向固始汗勸說停戰，四世班禪才得以脫身到拉薩。固始汗到達達木後，索南熱丹趕往軍營，同固始汗對戰爭作了統一部署，派達東乃充當固始汗軍隊的向導，引領固始汗經南木林直插後藏，將第悉藏巴包圍在桑珠孜城堡中，還派色布饒丹擔任軍需官，為蒙古軍隊供應糧草。蒙古軍還分兵一部，切斷前後藏的交通聯絡，並由格魯派組織的僧兵配合，招降前藏各地方首領，攻打拒不聽命的第悉藏巴的守軍和地方貴族。格魯派的全力幫助，使固始汗能夠集中大部分兵力，在第悉藏巴沒有來得及逃跑時，就將其包圍在桑珠孜城堡中。
由于第悉藏巴沒有認真做好戰爭準備，加上格魯派在前藏地區的多年經營，蒙古軍和格魯派在前藏進行得十分順利，少數頑抗的城堡被迅速攻破，各地方首領紛紛參加到反對第悉藏巴的行列，這就使戰爭的勝負只取決于桑珠孜的攻防一戰，不過，到了生死關頭，第悉藏巴還是表現了它作為一個新興政權的頑強戰斗力，在外援斷絕的艱難條件下，與數量占優勢的固始汗和格魯派的聯軍拼死決戰，並給進攻者以重大殺傷，堅守桑珠孜城堡達10個月之久。到1642年3月，桑珠孜城堡終于被固始汗和格魯派的聯軍攻破，第悉藏巴噶瑪丹迥旺波被俘。第悉藏巴政權僅存在了短短的24年就被推翻了。噶瑪丹迥旺波被俘後，固始汗先把他監禁在拉薩附近的內鄔宗，準備給他一些莊園，讓他做一個小貴族。後來，由于第悉藏巴手下的一些人發動叛亂，企圖殺死固始汗和五世達賴喇嘛，救出噶瑪丹迥旺波，固始汗為剷除第悉藏巴政權復辟希望，把噶瑪丹迥旺波投入拉薩河中處死。
(二)固始汗和格魯派在西藏統治的建立
在攻下桑珠孜以後，固始汗已經成為統治青藏高原大部分地區的汗王，他是以保護格魯派的旗號進入青藏高原的，根據青藏的具體情況，他決定效法藏文史籍中所說的元世祖忽必烈對帝師八思巴的三次供養的故事，將衛藏十三萬戶獻給五世達賴喇嘛。1642年3月，他將五世達賴喇嘛迎請到後藏日喀則，舉行了隆重的獻禮儀式。
實際上，在消滅第悉藏巴以後西藏的政權應當如何建立的問題上，固始汗有自己的精心策劃。固始汗以格魯派的施主和保護者的身份進入青藏高原，介入藏族地區的政治和軍事事務。經過6年的征戰，他已經控制了整個青藏高原。但是，固始汗和元世祖忽必烈不同，忽必烈是在統一中國的過程中經營西藏的，經營西藏只是他的事業中的一個部分，因此忽必烈可以委任薩迦派來管理西藏的地方事務，並吸收薩迦派的首領來參與全國的佛教事務的管理。固始汗與俺答汗也不同，俺答汗雖然也親自帶領部眾到青海，但是他的根據地還是在蒙古土默特地區，而且當時明朝力量還比較強大，不能容許俺答汗長期在青藏高原停留和統治。固始汗是率領自己的全部部眾進入青藏高原的，並且是通過戰爭攻打下來的，而且當時已經沒有一個強大的中央王朝或者蒙古勢力可以迫使他退出青藏高原，衛拉特部也不會歡迎他退回新疆，因此固始汗的目標是要在青藏高原長期統治下去，並且保證自己的子孫長期掌握統治權。固始汗可以吸收成敗經驗的例子只有被他消滅的卻圖汗。卻圖汗在攻占青海以後，自己坐鎮青海，派兒子阿爾斯蘭率軍進藏，結果阿爾斯蘭不能在西藏立足，卻圖汗自己也很快覆滅。因此固始汗認識到西藏是青藏高原的政治和宗教的重心，要保持自己對整個青藏高原的控制，必須鞏固對西藏地區的統治。固始汗的力量只有和碩特部的一部分兵力和部眾，進兵青海時只有1萬多軍隊，加上收編的在青海的蒙古其他各部的殘余，人口並不很多，不超過10萬人，並且是混雜在眾多的藏族部落之中。固始汗是接受格魯派的請求進兵青藏高原的，保護格魯派的名義使得他師出有名，節節勝利，在戰爭結束後，他仍然需要「保護格魯派」的這個旗號，如果他拋棄了保護格魯派這面旗幟，就等于放棄了自己的統治基礎。同時，在西藏地區，政教兩權始終是緊密結合在一起的，脫離了宗教的政權必然是短命的。因此他考慮的是在不將西藏的統治權完全交給格魯派的情況下，如何與格魯派上層，特別是五世達賴喇嘛結合，利用格魯派的宗教勢力使自己的世俗統治合法化。再進一步，他還想利用格魯派的宗教勢力，特別是五世達賴喇嘛的宗教威望，進一步擴大他在蒙古族社會，特別是衛拉特蒙古各部中的地位影響，並與中原的王朝建立關系。因此固始汗向五世達賴喇嘛奉獻衛藏十三萬戶這件事，是固始汗當作戰後的首要大事來做的，不過在當時所謂十三萬戶已經名存實亡，奉獻十三萬戶也只能是一種象徵意義，他的目的是要給自己的統治披上一層宗教的靈光，建立蒙藏聯合、政教聯合的政權。
對消滅第悉藏巴以後如何處理與固始汗的關系的問題上，格魯派內部也有不同的考慮。五世達賴喇嘛和四世班禪、索南饒丹等格魯派上層不是沒有想過建立自己的政權，但是缺乏自己的武裝力量，也沒有行政統治的經驗，又面臨第悉藏巴的殘余勢力的反抗，他們審時度勢，認為在大局剛剛穩定的情況下，以格魯派自身的實力，還不足以左右西藏局勢，認為「在西藏這塊土地上如果有一個領袖，時局才會安定，薩迦、噶舉、寧瑪等其他教派四分五裂的局面才可能有所改觀」，因此五世達賴喇嘛對固始汗的統治權予以認同，希望固始汗留在西藏。甚至還期望固始汗成為平衡格魯派內部各方面的矛盾的一種力量。
在雙方都認識到必須相互依存的情況下，格魯派上層集團與蒙古和碩特部固始汗聯合統治西藏的格局終于形成。在統治方式上，是由固始汗本人設汗庭于西藏，以長子達延鄂齊爾和第六子多爾濟(亦稱達賴洪台吉)輔佐，以得到五世達賴喇嘛承認的「丹增卻吉杰波」(執掌教法法王)的汗王身份君臨于甘丹頗章政權之上，直接控制著西藏的權力中心。除外，他對作為他的和碩特部眾的大本營的青海湖地區也作了精心安排。自1638年和碩特部眾陸續移牧那里後，他給他的10個兒子劃分牧地和屬民，讓他們繼續率部在那里駐牧，作為自己的根據地。同時他還命第五子伊勒都齊的兒子罕都(mkhav-vgro)總管康區，帶兵在康區駐扎，用康區的賦稅收入作為和碩特部收入的補充，即所謂「徵收康區賦稅，以養青海之眾」，「令子孫游牧青海，而喀木納其賦，唯以藏、衛二部給達賴、班禪」，使得青海湖地區成了和碩特部眾的游牧地，並保證他們在新的住地能夠衣食無虞。這種安排實際上就是使青海和康區成為固始汗直接管轄的地區，其行政權力不與五世達賴喇嘛分享，同時也使青海和康區成為西藏地區的天然屏障，可以阻擋來自北方的其他蒙古軍事力量，從而防止固始汗在西藏的統治地位被其他蒙古首領覬覦。
在西藏地區，固始汗則充分利用格魯派和五世達賴喇嘛的地位和影響，用「奉獻十三萬戶」的名義，將地方行政事務交給格魯派管理，甚至將這一聯合的政權的名字以達賴喇嘛在哲蚌寺的寢宮「甘丹頗章」命名。但是在人事安排上，固始汗繞開了五世達賴喇嘛的宗教領袖地位，將甘丹頗章政權權力的實際行使者第巴一職的任命權掌握在自己手中。他在1637年秋天會見五世達賴喇嘛時給索南饒丹和仲麥 巴·赤列嘉措等達賴喇嘛的主要隨從贈給「達賴強佐」、「宰桑第巴」等各種稱號，就已經埋下了任命格魯派的管事人員的伏筆，到攻滅第悉藏巴以後，他正式任命索南熱丹為首任第巴，也就是掌握了主要的人事任命權。因為第巴索南熱丹在政治態度上可以說一直是依靠固始汗的，在格魯派奪取政權的過程中，他同蒙古和碩特部在政治上的聯系要比五世達賴喇嘛密切得多。
在這個蒙藏聯合政權中，還有一項明確的分工。固始汗和蒙古首領負責軍事行動的指揮，固始汗留下一部分部眾，住牧于藏北當雄草原。遇到戰爭時，由蒙古軍和從西藏各地徵集的藏族軍隊聯合行動。軍隊由固始汗直接指揮，其長子達延鄂齊爾和第六子多爾濟有時也領兵擔當一個方面的統帥，而第巴索南饒丹等人也有帶兵協同作戰的責任。在宗教事務方面，則由五世達賴喇嘛和格魯派上層負責，五世達賴喇嘛除了管理格魯派的僧人和寺院以外，在固始汗的支持下，也取得了對其他教派寺院的管理權。掌握宗教權力成為後來五世達賴喇嘛擴大其權力的基礎。
為了給這個蒙藏統治者聯合的甘丹頗章政權制造輿論，同時因固始汗的要求，1643年4月到7月，五世達賴喇嘛僅用了3個多月的時間寫成了一部《西藏王臣記》。這是一部全面、系統地記述西藏歷史發展的書。從贊普松贊干布建立吐蕃王朝開始，一直記述到和碩特部固始汗進藏，西藏噶丹頗章政權建立為止，前後整整1000年。但是記述最為詳細的是元代薩迦政權以來各個地方貴族的歷史，是想讓固始汗以史為鑑，通過對西藏歷代統治王朝的了解，借鑑一些統治、治理西藏的經驗。這對一個外來民族的統治者來說，是尤為必要的。另一方面，五世達賴喇嘛在書的後面專門寫了一篇固始汗的小傳，講述固始汗的事蹟和他為了格魯派而領兵進藏的經過，並把固始汗宣傳為宗教預言中所說的金剛手菩薩的化身，這實際上也是論證蒙藏聯合的政權建立的合理性。
在政權建設方面，蒙藏聯合政權另一個急需解決的任務是建立一個政權中心，這是固始汗和五世達賴喇嘛取得勝利後的最大願望，也是格魯派的當務之急。早在1643年3月，格魯派決策人物之一的林麥夏仲就提出應在拉薩的布達拉山修建一座紅色和白色相間的規模巨大的城堡，將格魯派的色拉寺和哲蚌寺連成一線，使格魯派在拉薩的防御穩固可靠。對此五世達賴喇嘛表示極大的贊同，並傾注了大量的心血。布達拉宮從1645年4月破土動工後，固始汗、五世達賴喇嘛、索南饒丹等人始終關注著工程的進程，到1649年底建成白宮部分。布達拉宮的興建，動用了全西藏各地的人力、物力，顯示了新成立的甘丹頗章政權在西藏的權威。同時格魯派強調布達拉宮繼承了吐蕃王朝在拉薩紅山上興建的宮殿，有意安排在工程動工時由固始汗的王妃將流落到青海的據稱是松贊干布的本尊神像的世自在觀音像洛格夏拉像送回布達拉宮供奉，同時維修了山上塑有松贊干布、文成公主和赤尊公主像的法王洞，以松贊干布是觀世音菩薩的化身和歷輩達賴喇嘛是觀世音菩薩化身的共同性，將宮殿所在的紅山命名為布達拉山，將宮殿命名為布達拉宮，以顯示甘丹頗章政權繼承了吐蕃王朝的宗教和文化傳統，使布達拉宮成為甘丹頗章政權的中心和精神象徵。不過固始汗由于指揮軍事行動和蒙古的游牧傳統生活方式，並沒有經常在布達拉宮居住，這使得布達拉宮建成後實際上成為了達賴喇嘛的住所，達賴喇嘛的侍從機構和舉行宗教活動的南傑扎倉也設在布達拉宮。在五世達賴喇嘛去世後，歷輩達賴喇嘛的靈塔也建在布達拉宮。經過格魯派多年的經營和努力，使得布達拉宮和和碩特汗王的聯系比達賴喇嘛要松散得多，達賴喇嘛和布達拉宮一起成為藏區和蒙古各地格魯派信徒崇拜和朝禮的中心。
三、為鞏固統治而進行的斗爭
(一)對噶舉派反抗勢力(工布叛軍等)的軍事鎮壓
第悉藏巴政權被蒙藏聯軍消滅後，引起了一直在該政權的支持和保護之下的噶瑪噶舉派和一些地方貴族等格魯派反對勢力的極大恐慌。他們乘固始汗立足未穩，格魯派政權尚未鞏固之機，在後藏和工布等地舉兵反抗。為首的是噶瑪噶舉派除黑、紅帽兩系活佛之外勢力最大的噶爾巴師徒。「噶爾巴」原是康區類烏齊一帶的一個家族名，有記載稱曾經控制帕竹政權的實權的仁蚌巴就出自這個家族。該家族歷史上一直和噶瑪噶舉派關系密切。1642年6月間，當第悉藏巴在固始汗和格魯派的強大攻勢下敗局已定時，噶爾巴師徒為了保存噶瑪噶舉派的實力，向五世達賴喇嘛請求「給予一份保持噶舉派地位權利的蓋印文書」。當時五世達賴喇嘛正在計劃戰後如何收復以前被噶瑪噶舉派占據的寺院、莊園等，在徵求了固始汗的意見後，沒有答應噶爾巴的請求。此舉深深激怒了噶爾巴，為日後的叛亂埋下了伏筆。
1643年上半年，噶爾巴師徒以洛扎(今山南地區洛扎縣)為大本營，分別在工布地區的桑日(今山南地區桑日縣)、沃卡(今山南地區桑日縣沃卡鄉)和後藏的仁布(今江孜地區仁布縣)、江孜(今江孜地區江孜縣)、白朗(今江孜地區白朗縣)、南木林(今日喀則地區南木林縣)等地舉兵，對拉薩形成了扇形包圍圈，嚴重威脅到固始汗和格魯派的統治。
這次反叛開始不久，後藏的形勢就已經岌岌可危。南木林宗最先失守。在仁蚌的曲貝也拱手讓出了仁蚌宗。離日喀則較近的白朗宗也被叛軍包圍，以達那沃蘭巴為首的叛軍在日喀則周圍騷擾，對四世班禪構成嚴重威脅。索南饒丹委任管理江孜宗的囊索諾爾布放棄了宗城，倉皇逃命。後藏所有的地方幾乎都被叛軍控制。在工布地方，以工布噶悉的主帥雪喀瓦為首的居巴、普、孜、蘇等反對格魯派的地方首領組成的8000多叛軍也展開了大規模的騷亂。面對這樣的嚴重局面，固始汗和五世達賴喇嘛不得不改變原來只推翻第悉藏巴的統治，對其支持者一般不予追究的初衷，下決心徹底打擊噶瑪噶舉派及其支持者。首先，固始汗看到囚禁中的第悉藏巴仍然對格魯派構成威脅，還有可能死灰復燃，于是下令把第悉藏巴用牛皮包裹，拋入拉薩河，以絕後患。對于戰爭，經過商議後，固始汗和五世達賴喇嘛作了如下部署：由固始汗率軍經墨竹工卡、沃卡、達布一線消滅工布的叛軍；喀爾喀蒙古達顏諾延的300騎兵和固始汗的大王妃所屬的蒙古兵在孜重木會合，開往後藏平叛。兩地戰事進展十分順利，後藏的叛軍在蒙古兵的打擊下也土崩瓦解。此後，工布地方又陸續發生了一些小規模的叛亂，但都已成強弩之末，很快被鎮壓下去了。固始汗的軍隊準備乘勝追擊，直搗噶爾巴的大本營。噶爾巴兵敗後自知不能在洛扎立足，他一方面派達壟夏仲出面調停，一方面設計逃脫，跑到康區去了。受這次反叛的牽連，楚布寺的黑帽系活佛卻英多吉也離開西藏，逃往云南麗江。取得這次平息反叛的勝利，固始汗和格魯派在西藏的聯合統治才真正確立起來。
(二)固始汗去世後的汗位之爭以及與不丹的戰爭
在解除外部敵對勢力的威脅之後，和其他的封建政權一樣，甘丹頗章政權也遇到了內部的權力之爭。1654年6月，固始汗在同五世達賴喇嘛巡視前後藏的途中突然患病。當年藏歷十二月八日，這位「持教法王」在拉薩的噶丹康薩去世，享年73歲。固始汗1642年領兵進藏時已經61歲，他在西藏統治了12年，成為甘丹頗章政權建立和鞏固的關鍵人物，他的去世引起了甘丹頗章政權的首次振盪。
隨著固始汗的去世，和碩特部汗王的繼立問題遂成為格魯派政權上層和固始汗的後代關注的焦點。由于缺乏史料，我們還不清楚固始汗生前是否就汗位的繼立立有遺囑。但從《五世達賴喇嘛傳》的記載看，在1652年五世達賴喇嘛進京朝覲期間，固始汗已經有將長子巴圖爾台吉(即後來的達延汗)召至西藏，協助自己處理政務的打算。不過後來「丹津法王(固始汗)一改初衷，說長子巴圖爾台吉宜留居魯特部」，而且將此事交給正行進在青海的五世達賴喇嘛處理。五世達賴喇嘛立即派索南旺傑兼程七晝夜趕往青海和碩特部的駐地通知巴圖爾台吉留在青海。從這件事看，固始汗在晚年確實有過讓長子巴圖爾台吉繼承汗位的打算，並且五世達賴喇嘛也參與其中。
由于沒有明確指定繼承人，以及固始汗諸子之間的矛盾，在固始汗去世後的近4年內，和碩特汗王的汗位一直虛位，表面上當時是由固始汗的長子達延汗和第六子多爾濟聯合主持西藏的政務，實際上一些重大事務已經開始由五世達賴喇嘛定奪。如在固始汗去世後不久，五世達賴喇嘛就決定將青海和碩特部劃分為左右兩翼，並派哲蚌寺的堪蘇霍爾·阿旺赤列倫珠到青海去召集諸台吉商議此事。當時固始汗的第七子額爾德尼岱青和第八子袞布為劃分牧地發生糾紛，多爾濟提出要按自己的想法劃分時，五世達賴喇嘛將他召至哲蚌寺「鄭重勸說」，最終還是多爾濟服從了五世達賴喇嘛的決定。
1657年底，在五世達賴喇嘛的努力下，終于確定由達延汗繼任和碩特部汗王。1658年正月初五，在五世達賴喇嘛的主持下，舉行了達延汗的即位典禮，並贈給達延汗「丹增多吉傑布」的名號(1660年五世達賴喇嘛又贈名號為「丹增達顏杰波」)。為了在固始汗諸子之間取得平衡，當年的十一月，五世達賴喇嘛贈給固始汗第六子多爾濟「達賴洪台吉」的名號，贈給他衣冠、弓箭囊、寶劍等物。
在固始汗去世不久，格魯派占統治地位的西藏地方與主巴噶舉派占統治地位的不丹從1642年格魯派推翻第悉藏巴政權以來就一直存在的矛盾更加激化，西藏方面經過商討後決定派出蒙藏聯軍對不丹作戰。聯軍由固始汗的兒子達賴巴圖爾台吉和瑪久台吉統率，第巴索南饒丹及其屬下囊索諾爾布等人或者隨軍行動，或者在後藏負責後勤供應。一開始蒙藏聯軍取得節節勝利，1656年7月攻入門域的本塘地方(在不丹東部)。不久因為蒙藏聯軍不適應南方炎熱的氣候，以及第巴索南饒丹患重病返回拉薩後，後勤供應方面出現了問題，蒙藏聯軍陷入不利的境地。在本塘地方堅持一段時間以後，瑪久台吉在軍中病死，軍事上出現膠著狀態，格魯派中有許多人主張將軍隊撤回。于是由薩迦派的首領為首的一些後藏僧俗人士共同出面調停，交戰雙方達成了停戰協議，蒙藏聯軍撤離了不丹。和不丹的戰爭是固始汗進兵西藏以來和碩特蒙古軍第一次遭到重大損失並且未能取得勝利的戰爭，和碩特蒙古的軍事威望在人們的心中開始下降。
(三)平息囊索諾爾布之亂
1658年3月，達延汗繼任和碩特部汗王剛兩個月，甘丹頗章政權的另一個重要人物第巴索南饒丹就因病去世。隨著格魯派政權中兩位實權人物(固始汗和索南饒丹)的相繼去世，西藏的政局進一步發生了微秒的變化。
五世達賴喇嘛感到把行政權力集中到自己手中的時機已經到來，開始設法掌握任命第巴的權力。他首先利用達延汗威望還不足以立即任命第巴的繼承人的機會，說服達延汗兄弟同意對第巴索南饒丹之死匿喪一年。在這一年的時間中，五世達賴喇嘛多次和他們就第巴一職的人選和由誰來任命等問題進行密商。達延汗本來有自己的繼任第巴職務人選的考慮，但是各方的意見不一，使得他猶豫不決，加上他本身對行政事務並不太熱衷，所以只好聽從五世達賴喇嘛的意見，使得五世達賴喇嘛得以順利實現人事任免權方面的改變。
《五世達賴喇嘛傳》的記載隱約地透露出，當時在格魯派內部對第巴的繼任人選有重大的分歧。五世達賴喇嘛及其身邊的人員希望赤列嘉措繼任第巴，第巴索南饒丹的一個親戚囊索諾爾布②也是許多人認為的合適人選。五世達賴喇嘛自己和赤列嘉措的關系密切。赤列嘉措出身于拉薩色拉寺附近的娘真村的仲麥巴家族，幼年時在哲蚌寺出家，五世達賴喇嘛坐床後，他一直是五世達賴喇嘛身邊的隨從人員。1629年五世達賴喇嘛13歲時就曾經到仲麥巴家中做客，受到熱情接待，以後他還多次到過仲麥巴家里。因此青少年時期就和赤列嘉措關系極深。仲麥巴家族對格魯派甘丹頗章政權的建立也出力很多，赤列嘉措的一個弟弟仲麥巴·貴巴扎西就是在協助固始汗攻打桑珠孜城堡時受傷，不久因傷去世的，他的另一個弟弟仲麥巴·阿蘇克(即著名的第巴桑結嘉措的父親)也參加了推翻第悉藏巴的斗爭，並擔任甘丹頗章政權的官員，1656年在日喀則任職時因食物中毒亡故。1632年9月赤列嘉措成為負責照料五世達賴喇嘛學經和生活的助手，從此赤列嘉措成為五世達賴喇嘛形影不離的侍從。1637年固始汗和五世達賴喇嘛在拉薩首次會見時，固始汗贈給赤列嘉措「宰桑第巴」的稱號，也表明赤列嘉措是五世達賴喇嘛的主要助手的身份。五世達賴喇嘛進京朝覲時，赤列嘉措是全程陪同的主要隨員之一。有這樣一層深厚的關系，加上五世達賴喇嘛身邊的侍從僧人們的擁護，五世達賴喇嘛是很希望任命赤列嘉措繼任第巴的。不過赤列嘉措也有他的弱點，他一直是作為五世達賴喇嘛的侍從僧人在寺院里生活，缺乏行政管理的經驗，和世俗官員接觸不多。而囊索諾爾布是第巴索南饒丹的本家兄弟，早期也在五世達賴喇嘛的侍從僧人中任職，後來還俗到拉薩的蓋噶薩家族入贅為女婿，成為一家世俗貴族的成員。在甘丹頗章政權中，他也是一個老資格的官員，也曾經為甘丹頗章政權的建立出過力，參加過攻打第悉藏巴的戰爭，也曾陪同五世達賴喇嘛到北京朝覲，當時他正在主持後藏事務，還把他的一些親信安排在一些宗擔任宗本等職，得到一些地方上的官員和首領的支持，而且看來達延汗兄弟也希望囊索諾爾布繼任第巴。如果在索南饒丹去世後立即任命第巴，囊索諾爾布繼任的可能性比赤列嘉措要大得多。因此對索南饒丹去世匿喪一年，實際上是五世達賴喇嘛為赤列嘉措繼任第巴爭取到了進行準備的一年。這反映了格魯派內部達賴喇嘛為首的佛教上層僧侶們和以索南饒丹、囊索諾爾布為首的世俗官員們的矛盾和權力之爭。宗教上層希望打破慣例，由達賴喇嘛的親信繼任第巴，將權力進一步集中到達賴喇嘛的手中，而世俗貴族們希望囊索諾爾布擔任第巴，是想在索南饒丹之後在甘丹頗章政權的首腦人物中保持一位世俗官員的代表，延續固始汗時期的權力和甘丹頗章政權內部的權力平衡體制。
在這種情況下，達延汗兄弟和五世達賴喇嘛都不得不考慮不同的意見，同時也要考慮他們自己相互之間的關系，因此他們在這兩人之中都一時難以作出選擇，這就造成遲遲不能任命第巴的情況。這種情況對五世達賴喇嘛比較有利，他可以利用他的宗教領袖身份，先做到自主處理重要事務，等待時機成熟再作出決定。《五世達賴喇嘛傳》說，1659年5月，五世達賴喇嘛按照乃窮大護法的指示閉觀修行，「但我仍在此期間同宰桑第巴、達如鼐、鄂爾鼐、桑達鼐五人商議決定，在閉關期間所有可以決斷的事由他們依次決定，決定不了的要事，則由宰桑第巴在早晚兩座法之間向我逐一扼要稟報，我一一給予明確的指 示。此外，我將呈文、批示、蠟封、粉簡和禮品等全部帶到內室，這樣不僅可以得到涂泥封門閉關修行的美名，也能名除貽誤公務之口舌，所以我一絲不苟地依此行事。」達延汗看到這種自己的權力旁落的形勢，希望自己中意的囊索諾爾布儘快得到五世達賴喇嘛的同意，繼任第巴職務，因此他從藏北寫信，催促五世達賴喇嘛同意任命，實際上是給五世達賴喇嘛施加壓力。
1669年5月，囊索諾爾布帶領一批隨從來到拉薩，達賴喇嘛迫不得已表態同意他擔任第巴，並派人向他解釋以前一直未同意任命他為第巴的原因，要他不得穿戎裝來晉見，同時還安排人監視囊索諾爾布的行動，派人觀察他的支持者在日喀則的動向，足見五世達賴喇嘛對他的不信任和防備。
一時間拉薩的氣氛變得異常緊張，候任第巴的囊索諾爾布和迫不得已同意他出任第巴的五世達賴喇嘛互不信任，私下猜疑，而達延汗不知道究竟應該支持哪一邊，舉棋不定。這時五世達賴喇嘛提出，拉薩的囊索諾爾布的重要支持者蓋噶薩家族的住地距布達拉宮太近，所以決定在山南地區為其交換一塊大致相等的地方，並派人前去通知。五世達賴喇嘛的這一行動引起了囊索諾爾布在拉薩的支持者的緊張，一些人找藉口離開拉薩到後藏去。在他們的影響下，囊索諾爾布真正感到五世達賴喇嘛方面對自己強烈的敵視，對能不能在拉薩順利地繼任第巴職務失去了信心，于是在1659年10月和第巴索南饒丹的兒子等人偷偷潛回日喀則，準備集合自己的支持者，組織武裝，再和五世達賴喇嘛方面攤牌。他們在日喀則的活動，使得後藏地區再次動盪不安。
囊索諾爾布這一行動，恰恰把斗爭的主動權交到了五世達賴喇嘛的手中。五世達賴喇嘛爭取到扎什倫布寺的僧人的支持，通過他們又爭取了南木林地方的官員。他還分析清朝對自己的態度不會有什麼變化，平定囊索諾爾布的反叛不會有什麼阻力。在得到多數僧俗首領的支持後，五世達賴喇嘛派人到達延汗那里，反復說明自己和囊索諾爾布產生矛盾的原因和囊索諾爾布的行動對甘丹頗章政權的危害，在爭取到達延汗兄弟的支持後，由達延汗和五世達賴喇嘛派兵到後藏平息動亂。看到達延汗等蒙古首領改變了態度，囊索諾爾布的許多支持者紛紛轉向，向五世達賴喇嘛和達延汗表示服從。先是蓋噶薩家族的首領看到囊索諾爾布勝利無望，返回拉薩，在達延汗的寬恕下被安置在達隆。囊索諾爾布在屬下眾叛親離的情況下，也只好和索南饒丹的兒子逃離日喀則，不知所終，從西藏的政治舞台上消失了。
排除囊索諾爾布的影響後，和碩特部中的實權人物——達延汗以及固始汗的另外兩個兒子濟農和達賴洪台吉都同意五世達賴喇嘛選擇的人選。在各種條件完全具備後，五世達賴喇嘛才正式啟動任命赤列嘉措為第巴，並于1660年藏歷七月十三日，在哲蚌寺甘丹頗章的三樓舉行了赤列嘉措就任第巴的儀式，五世達賴喇嘛給他賜名為薩迥赤列嘉措，達延汗兄弟參加了儀式，並向赤列嘉措祝賀。特別的是，五世達賴喇嘛在這個儀式上把原來贈給達延汗的「丹增多吉杰波」的汗號改為「丹增達延杰波」，實際上也是為了顯示在平息囊索諾爾布之亂和任命赤列嘉措為第巴後，達賴喇嘛的權勢凌駕于達延汗之上。
囊索諾爾布之亂本來是一次不大的事件，但是它產生的結果影響重大。在甘丹頗章政權中，不僅汗王的汗權進一步削弱，而且世俗官員的權力也被削弱，使得五世達賴喇嘛可以任命自己侍從僧人擔任最高的行政官員——第巴，再加上1662年四世班禪去世，格魯派中沒有了可以和五世達賴喇嘛相提並論的領袖人物，西藏地方的政教兩方面的權力都集中到了五世達賴喇嘛的手中。
(四)和拉達克的戰爭
1656年的戰爭並沒有解決不丹和甘丹頗章政權之間的矛盾，在經過幾次小規模的沖突之後，經過20多年後到1679年更擴大為不丹和拉達克聯合起來和甘丹頗章政權的戰爭。
西藏西部的拉達克王與普蘭、古格小王都是吐蕃贊普的後裔，是朗達瑪贊普的孫子吉德尼瑪袞的三個兒子繁衍出來的三支。被稱為「阿里三圍」的這三個土王在西部並立的局面延續了數百年。到16世紀上半期，中亞地區伊斯蘭化的蒙古人曾由新疆進入拉達克和巴爾蒂地區，其中一個名叫米爾咱·馬黑麻·海達爾(1499－1551)的貴族成為了克什米爾的統治者，建立起克什米爾地區的默格本王朝。大約在16世紀末或17世紀初，克什米爾的巴爾蒂土王阿里·謝爾·汗曾進攻拉達克，俘虜了拉達克王嘉央南傑(vjam-dbyangs-rnam-rgyal)，並娶了拉達克王的女兒，在拉達克王承認默格本王朝的統治權後，才將嘉央南傑放回。雖然此後拉達克王並沒有皈依伊斯蘭教，藏傳佛教的噶舉派在拉達克仍很盛行，但伊斯蘭教還是從此開始傳入了拉達克地區。伊斯蘭化的蒙古人建立的印度莫臥爾王朝的時期，拉達克王和印度克什米爾的土王有較為密切的關系，得到巴爾蒂王支持，使得拉達克小王成為在阿里三個小王中武力最為強大的一個。
大約在17世紀初，拉達克王開始向東擴展自己的勢力，蠶食古格的土地。這時古格地方的政治和宗教正在發生劇烈變化。拉達克和古格地區在藏傳佛教後弘期開始時，是噶當派和噶舉派傳播的地區，元代薩迦派也傳入這一地區，明代中期格魯派的勢力也進入古格地區，特別是根頓珠巴在日喀則興建扎什倫布寺時，曾經派遣其弟子到古格化緣，與古格王室建立了關系，在古格建立了格魯派的寺院和僧團。1616年四世達賴喇嘛去世後和1618年格魯派在拉薩地區受到第悉藏巴的打壓時，四世班禪洛桑卻吉堅贊為格魯派尋找新的支持，1616年和1617年兩次應邀到古格的托林寺活動，受到古格王扎西扎巴德的父親和弟弟等人的熱烈歡迎。在這兩次時間都長達半年多的傳法活動中，四世班禪委任古格王的叔祖父拉尊·洛桑意希沃為古格的格魯派僧人的首領，使得格魯派在古格地區占據了主要教派的地位，古格的五六千佛教僧人中格魯派占了大多數。由于格魯派影響的擴大，造成當時的古格王扎西扎巴德和古格的格魯派的宗教領袖——其實主要是古格王的弟弟之間的矛盾加深，為了鞏固自己的勢力，古格王夫婦轉而接近新到古格活動的西方傳教士，打算借助西方傳教士的幫助來平衡藏傳佛教在社會上的影響。古格王扎西扎巴德于1626年向葡萄牙傳教士安東尼奧·德·安奪德提供土地和資助，在扎布讓興建了西藏的第一座基督教的教堂。教堂建成後，古格王為安奪德等人提供生活所需，並奉獻了可觀的資金，安奪德等人向古格王夫婦等人宣傳基督教的教義，還在古格的百姓中發展了少量的基督教信徒⑤。古格王還支持安奪德等傳教士利用各種機會抨擊古格的藏傳佛教僧人，並對藏傳佛教僧人采取限制和打擊的措施，企圖削弱藏傳佛教在民眾中的影響，鞏固自己的王權。這些都造成矛盾不斷激化。1630年春，安奪德返回印度果阿，隨後古格王扎西扎巴德身患重病，古格的佛教僧侶們乘機發動了反對古格王的武裝暴動，將古格王包圍在扎布讓的王宮城堡中。古格王的弟弟聯合與古格王室同宗的拉達克，拉達克王僧格南傑(?－1646)乘機出兵古格攻打古格王，最終結果古格王扎西扎巴德及全家被拉達克人帶回拉達克首邑列城，關進了監獄。
拉達克王統治古格以後，委派自己的兒子因陀羅菩提南傑(Indara-bhoti-rnam-rgyal)統治古格地 區，和第悉藏巴的管轄區直接接界，當時第悉藏巴主要是在前藏地區擴展自己的勢力，無力西顧，雙方保持了一段時間的平靜。在1644年甘丹頗章政權建立以及隨後的蒙藏聯軍與不丹戰爭期間，拉達克王僧格南傑及其子德丹南傑(bde-ldan-rnam-rgyal，約1646－1675年在位)都聲稱自己信奉噶舉派，應當支持不丹。在1678年不丹和西藏之間又發生了沖突，這時的拉達克王是德丹南傑之子德列南吉(bde-legs-rnam-rgyal，約1675－1705年在位)，他更是以支持不丹的名義加緊打擊在古格的格魯派僧人和寺院，宣稱要把格魯派驅除出阿里地區，並準備出兵東進，在軍事上呼應不丹打擊格魯派，這就造成了西藏和拉達克之間的一次大規模的戰爭。
在得到拉達克軍將從阿里地區東進的消息後，五世達賴喇嘛專門派人去召請一位名叫甘丹次旺(dgav-ldan-tshe-dbang，亦譯噶爾丹策旺)的和碩特蒙古王族的成員。藏文文獻記載，甘丹次旺篤信格魯派，極有膽略，當時正在扎什倫布寺出家為僧。五世達賴喇嘛命他去阿里反擊拉達克軍的進攻，改變格魯派在阿里地區受迫害的局面，並對他面授機宜，親手授予他護身符、護法神幢，對他寄以莫大的期望。甘丹次旺亦表示願意遵命而行，但是考慮到參與征戰必定要殺害生靈，所以便提出要退戒還俗，才能夠率兵出征，在得到達賴喇嘛同意後，向自己的堪布退還了戒律和袈裟。他從藏北的納木錯湖畔徵集了2500名蒙古騎兵，向阿里進發。甘丹次旺進抵薩噶地方時，得到在此處任職的頗羅鼐的祖父阿松的配合支持，徵調了一些當地的武裝一同出征。
關于這次西藏軍隊和拉達克的戰爭的情況，成書于1733年的《頗羅鼐傳》，由于傳主頗羅鼐的祖父和父親都與此有關，特別是頗羅鼐的父親頗拉哇·白瑪傑布是甘丹次旺的主要部下，因此對甘丹次旺和這場戰爭有比較詳細的記載，恰白·次旦平措等先生編寫的《西藏通史——松石寶串》則主要依據《頗羅鼐傳》對此做了詳細的論述。該書記述說，甘丹次旺帶領的蒙藏近萬人的軍隊，大獲全勝，而且奪占了拉達克國都列城。從甘丹次旺作為一個剛剛還俗的僧人就能夠指揮近萬人的軍隊攻打拉達克的首府列城來看，他的和碩特蒙古王族的出身和五世達賴喇嘛對他的委任都是十分重要的因素。同時，這次戰爭表明當時在西藏的蒙藏統治集團在遇到重大問題時能夠通力合作，甘丹頗章政權還具有蓬勃向上的朝氣，所以蒙藏聯軍能夠在遙遠的西部邊境可以集中全力來爭取勝利，這一點對甘丹頗章政權的鞏固確實具有重要的意義。
然而，拉達克王及其臣下不甘心失敗，請求克什米爾的巴恰王(pa-chavi-rgyal-po)，出兵援助。克什米爾王來到比圖(spi-thub)地方和蒙藏聯軍交戰。蒙藏聯軍仍取得勝利。此後，主巴噶舉派的活佛巴薩姆旺布(vbrug-pa-sprul-sku-dpag-bsam-dbang-po)前來斡旋，蒙藏聯軍後勤供應困難，也不想繼續追擊，于是交戰雙方罷兵。拉達克王德列南吉前來甘丹次旺將軍處認錯，叩頭賠禮。甘丹次旺將列城、比圖、赤斯(krig-se)等7處碉樓、土地、財產歸還給拉達克王，並要求拉達克方面發誓保證今後不再危害而要敬奉格魯派，並要善待眾屬民。甘丹次旺還把生活在阿里地區的吐蕃贊普後裔洛桑白瑪(blo-bzang-pad-ma)委任為王，撥給他1000戶百姓。此外，還令阿里地區的達布噶舉派和寧瑪派的各個寺院仍照以前的規矩奉行本派教法，不得對其擾害。對阿里地區的格魯派的各個寺院，已破敗者進行修葺，未破敗者則加以擴展。雙方還約定，拉達克王每年要向西藏進貢致謝，向達賴喇嘛的商上繳納10錢黃金和10兩藏紅花，10匹霍索布料(hor-zhog)及1匹頗達布料(bab-sta)；西藏方面則為拉達克進貢的使團發放路費，派馱畜200頭、馬15匹等幫助運輸。甘丹頗章政權還同意，從那時起，拉達克可與西藏阿里地區牧民進行商品交換，西藏地方政府商人每年趕200頭馱畜運送茶葉，銷往拉達克，拉達克方面則保證為其格魯派寺院每年向拉薩正月祈願大法會敬獻供神燈火提供便利。
無論如何，自此時開始，阿里地區又重新歸屬西藏地方政府管轄。《頗羅鼐傳》還記載說，甘丹次旺在戰爭勝利後留下數百名蒙古兵丁駐守阿里，帶領其他的軍隊返回。甘丹次旺到達拉薩時，五世達賴喇嘛已經圓寂，但是當時第悉桑結嘉措正秘不發喪，宣稱五世達賴喇嘛嚴格閉關修行，不會見任何人，因此他只能把大量的戰利品奉獻在五世達賴喇嘛的寢宮外面，把阿里地方及其百姓的名冊奉獻給甘丹頗章政權。當時掌政的達賴汗和第悉桑結嘉措特別在大昭寺為他舉行了隆重的慶功儀式，賜給他大量財物。後來，他又奉命返回阿里駐守。甘丹次旺可能就是甘丹頗章政權委任的第一任阿里總管。他應該是1682年到1688年在阿里地區任總管，按照甘丹頗章政權的制度，在阿里地區建立行政制度，設立駐軍和委任宗本的制度，改變了阿里地區一直由土王統治的局面，對于加強阿里地區和前後藏的聯系起了重要的作用。從他以後，西藏地方政府向阿里地區派駐總管、噶本，並委任各宗的宗本，形成了定制，直至1959年民主改革時為止。
這一時期的西藏地方的歷史演變說明，格魯派和噶舉派作為藏傳佛教的重要教派，長期以來一直深深地卷入到西藏地方的政治事務之中，格魯派通過與蒙古各部的關聯，其命運又與更大范圍的中國民族關系的發展緊密聯系在一起。固始汗和格魯派在西藏的聯合統治的建立和鞏固，並不是一帆風順的平穩地發展的，而是充滿了激烈的戰爭和各種政治權謀，內部和外部的矛盾和斗爭成為這一時期西藏政治歷史的主要的內容。
[本文責任編輯 黃維忠]
中國藏學2008年第1期